当水体中的磷含量超过水体自净能力后，就会出现富营养化或者藻类繁殖泛滥现象。选择除磷方法之前先看磷的价态，正磷是+5价，次磷是+1价，亚磷是+3价，有机磷价态不定。正磷的去除方法比较成熟系统，分为生物除磷和化学除磷。

化学除磷主要方法是化学沉析法，将磷酸盐变成不溶性盐再析出。现在主要有钙盐、铝盐、铁盐。

在这些沉淀反应过程中要注意pH,避免金属离子和氢氧根发生沉淀反应。

在投加药剂后，磷酸盐会以难溶性颗粒的形式析出，然后还需要絮凝作用来将悬浮物的非溶性颗粒相互粘结，加快沉淀过程。常见的絮凝剂有PAC、PAM，需要在加入后搅拌。

生物除磷是利用聚磷菌的生化作用除磷。基础原理是：利用聚磷菌在厌氧条件下能充分释放其细胞内的聚合磷酸盐，而在好氧条件下又能超过其生理需要从水中吸收磷，并将其转化为细胞体内的聚合磷酸盐的特性，形成富含磷的生物污泥，通过沉淀从系统中排出这种富磷污泥，从而达到从废水中除磷的效果。

生物化学除磷并不是完全分开的，化学除磷剂也会用于生物除磷工程中，时间不同，效果也不同，称之为化学辅助除磷工艺。化学除磷剂可以在除磷的同时絮凝部分含氮化合物，会提高混合液的导电率，对不溶性颗粒的沉淀有帮助，但是除磷剂的过度投加也会对活性污泥除磷有负面影响，所以计算投加量也十分重要。